출산휴가·육아휴직 중 연말정산 어떻게 하나요? 비과세급여·공제 기준

출산휴가와 육아휴직 중에도 연말정산을 해야 할까?

출산전후휴가나 육아휴직을 사용하면 직장에서 평소와 같은 급여를 받지 않는 기간이 생깁니다. 이 때문에 휴직 중인 사람은 연말정산을 하지 않아도 되는지, 고용보험에서 받은 급여까지 신고해야 하는지 혼동하기 쉽습니다.

연말정산은 과세대상 근로소득에 대해 최종적으로 부담할 소득세를 계산하는 절차입니다. 따라서 휴직 여부만으로 판단하기보다 해당 과세연도에 과세대상 근로소득이 있었는지, 근로관계가 유지되는지, 회사에서 어떤 급여를 지급했는지 확인해야 합니다.

예를 들어 2026년 1월부터 5월까지 회사에서 근무한 뒤 6월부터 육아휴직을 사용했다면 1월부터 5월까지 받은 과세대상 급여와 휴직 중 회사에서 지급한 과세대상 금액 등을 확인해야 합니다.

반면 2026년 한 해 동안 육아휴직 상태였고 과세대상 근로소득이 전혀 없었다면 일반적인 근로소득 연말정산에서 공제할 세금 자체가 없을 수 있습니다.

2026년 상황	연말정산 판단	확인할 사항
일부 기간 근무 후 육아휴직	과세대상 근로소득 정산	근무기간 급여
일부 기간 출산전후휴가	회사 지급액과 고용보험 급여 구분	급여 지급주체
연중 육아휴직 후 복직	연간 과세대상 소득 확인	복직 후 급여
연중 휴직하고 과세급여 없음	공제할 근로소득세 존재 여부 확인	원천징수 내역
휴직 중 다른 소득 발생	다른 종합소득 신고 필요성 검토	소득 종류와 금액

휴직 중이어도 회사와 근로관계가 유지되는 경우 일반적으로 회사의 연말정산 안내에 따라 자료를 제출할 수 있습니다. 다만 회사별 급여 처리와 휴직 상태가 다르므로 인사·급여 담당자에게 연말정산 진행 방법을 확인하는 것이 좋습니다.

2026년 연말정산 소득공제와 세액공제 안내를 참고하면 기본적인 세액 계산 구조를 이해할 수 있습니다.

함께 확인하세요연말정산 의료비 세액공제 대상과 가족 의료비 합산 시 주의사항자세히 보기 →

육아휴직급여와 출산전후휴가급여는 과세될까?

2026년 현재 국세청의 비과세 근로소득 안내에 따르면 고용보험법에 따라 지급받는 육아휴직급여 등은 비과세 대상입니다. 고용보험법에 따른 출산전후휴가급여도 소득세법상 비과세 급여에 해당합니다.

하지만 출산휴가 또는 육아휴직 기간에 받는 모든 돈이 같은 방식으로 비과세 처리되는 것은 아닙니다. 특히 회사가 별도로 지급하는 급여나 수당이 있다면 금액의 성격과 법적 근거를 구분해야 합니다.

지급 항목	소득세 처리 원칙	확인할 내용
고용보험법에 따른 육아휴직급여	비과세	고용보험 지급내역
고용보험법에 따른 출산전후휴가급여	비과세	지급주체와 지급내역
회사 지급 일반 급여	원칙적으로 과세대상	급여명세서
회사 자체 지급 휴직수당	지급 성격에 따라 판단	취업규칙·급여항목
법정 요건을 충족하는 출산지원금	비과세 적용 가능	출산 시점·지급 횟수·지급 성격

국세청은 2024년 말 개정된 출산 관련 지원금 비과세 규정을 안내하고 있습니다. 근로자 또는 배우자의 출산과 관련하여 자녀 출생일 이후 2년 이내에 사용자에게서 일정 요건에 따라 최대 2회 지급받는 급여에 비과세 규정이 적용될 수 있습니다.

그러나 모든 출산 관련 회사 지원금이 자동으로 비과세되는 것은 아닙니다. 적용 제외 대상과 지급 횟수, 출생일 등 법정 조건을 확인해야 합니다.

예를 들어 회사에서 지급한 출산휴가 중 급여가 일반적인 과세대상 근로소득으로 처리되었다면 연말정산 총급여에 포함될 수 있습니다. 반대로 고용보험에서 직접 지급받은 비과세 급여는 동일한 방식으로 포함하지 않습니다.

급여명세서에서 고용보험 지급액과 회사 지급액을 구분하세요. 같은 출산전후휴가 기간에 받은 돈이라도 지급 근거에 따라 소득세 처리 결과가 달라질 수 있습니다.

휴직기간 신용카드·의료비 공제는 어떻게 적용할까?

출산휴가나 육아휴직 중 연말정산을 준비할 때 가장 주의해야 하는 부분은 공제항목별 인정 기간입니다. 모든 공제항목을 단순히 1월 1일부터 12월 31일까지 지출한 금액으로 합산하면 실제 적용 기준과 다를 수 있습니다.

신용카드 등 사용금액과 의료비, 교육비, 보험료 등은 근로제공기간과 관련된 공제 제한을 검토해야 합니다. 다만 휴직 상태의 법적 성격, 해당 기간의 급여 지급 여부, 공제항목별 규정 등을 확인해야 하므로 휴직기간이라는 이유만으로 모든 지출이 자동 제외되거나 자동 인정된다고 판단해서는 안 됩니다.

특히 출산전후휴가기간과 육아휴직기간은 실제 임금 지급구조와 근로관계가 다를 수 있으므로 급여 담당자 또는 국세청에 해당 기간의 공제 적용 여부를 확인하는 것이 안전합니다.

공제항목	주요 확인사항
신용카드 등 사용금액	총급여 25% 기준과 인정 사용기간
의료비	총급여 3% 초과 기준과 인정 지출기간
교육비	대상자 요건과 근로제공기간 기준
보장성보험료	보험계약 및 납입기간
기부금	기부자와 공제대상, 법정 요건
연금저축·IRP	납입액과 세액공제 적용요건

출산으로 인해 산후조리원 비용이나 병원비가 발생했다면 의료비 세액공제 요건을 별도로 확인할 수 있습니다. 국세청은 요건을 충족하는 산후조리원 비용에 대해 출산 1회당 200만원의 세액공제 대상금액 한도를 안내하고 있습니다.

또한 미숙아·선천성이상아 의료비와 난임시술비 등은 일반 의료비와 공제율이 다를 수 있습니다. 의료비 지출이 많다고 해서 모든 금액이 그대로 세금에서 차감되는 것은 아니며 총급여 3% 초과 기준 등 관련 규정을 검토해야 합니다.

의료비 세액공제 3% 기준과 계산 방법을 참고해 지출 유형별 공제 가능성을 확인할 수 있습니다.

2026년 휴직자의 연말정산 계산 예시

휴직자의 연말정산 결과를 이해하려면 먼저 연간 과세대상 총급여를 계산하고, 비과세소득과 이미 원천징수한 세금을 구분해야 합니다. 다음은 구조를 설명하기 위한 가상 사례입니다.

어떤 근로자가 2026년 상반기에 회사에서 과세대상 급여 1천800만원을 받고, 하반기에는 고용보험법에 따른 비과세 육아휴직급여 900만원을 받았다고 가정하겠습니다.

가상 사례 항목	금액	연말정산 처리
회사 과세대상 급여	1천800만원	총급여 계산에 포함
고용보험 육아휴직급여	900만원	비과세로 제외
가정한 과세대상 총급여	1천800만원	공제 계산의 출발점

이 사례에서 실제 받은 돈의 합계는 2천700만원이지만, 모두 과세대상 근로소득이 되는 것은 아닙니다. 다른 과세대상 수당이나 상여가 없다는 가정하에 총급여는 1천800만원입니다.

따라서 신용카드 등 사용금액 소득공제의 일반적인 총급여 25% 기준은 450만원으로 계산됩니다. 다만 실제 카드 공제액을 계산하려면 사용기간의 인정 여부, 카드 종류와 공제 제외 거래를 추가로 확인해야 합니다.

의료비 세액공제의 일반적인 총급여 3% 기준은 54만원으로 계산됩니다. 그러나 이 기준을 초과했다고 해서 모든 의료비가 자동으로 인정되는 것은 아니며 적격 의료비인지와 공제 대상 기간 등을 검토해야 합니다.

마지막으로 연말정산에서 실제 환급받을 수 있는 금액은 최종 결정세액과 이미 원천징수한 세액의 차이로 계산합니다. 육아휴직 때문에 한 해의 과세대상 총급여가 줄었다고 해서 반드시 환급금이 증가하는 것은 아닙니다.

환급금 확인 절차는 연말정산 환급금 조회 가이드를 참고하세요.

휴직자 연말정산 서류와 홈택스 확인 순서

2026년 귀속 연말정산은 일반적으로 2027년 초에 회사가 진행하는 정산 절차에 따라 준비합니다. 출산휴가나 육아휴직 중인 근로자는 회사의 연말정산 일정과 자료 제출 방식을 먼저 확인해야 합니다.

1. 회사에 2026년 귀속 연말정산 대상과 서류 제출 방법을 문의합니다.
2. 2026년 과세대상 급여명세서와 원천징수 내역을 확인합니다.
3. 고용보험 육아휴직급여 및 출산전후휴가급여 지급내역을 별도로 확보합니다.
4. 국세청 홈택스의 연말정산간소화 자료에서 의료비·보험료·신용카드 등 지출을 조회합니다.
5. 휴직기간과 실제 근로제공기간에 따른 공제 제한 여부를 확인합니다.
6. 출산 관련 세액공제나 부양가족 공제의 적용 요건을 확인합니다.
7. 회사에 적격 공제자료를 제출하고 최종 원천징수영수증을 검토합니다.

연말정산간소화 자료에 모든 공제정보가 빠짐없이 표시되는 것은 아닙니다. 산후조리원 지출 등 특정 자료가 누락되었다면 해당 기관의 증명서류를 별도로 확인해야 할 수 있습니다.

출산으로 가족 구성원이 바뀌었다면 부양가족 기본공제 및 관련 세액공제의 대상 여부도 확인해야 합니다. 배우자와 자녀 관련 공제는 소득·나이·중복공제 제한 등 세법상 요건에 따라 적용되므로 실제 가족관계만으로 모든 공제가 자동 인정되는 것은 아닙니다.

연말정산 부양가족 공제의 나이·소득 기준을 확인하면 도움이 됩니다.

휴직 중 회사를 퇴사하거나 다른 회사로 이직했다면 중도퇴사자 연말정산과 근로소득 합산정산 규정을 함께 적용해야 할 수 있습니다. 급여가 지급된 기간과 고용관계가 유지된 기간을 정확하게 구분해 자료를 준비하세요.

휴직 전·휴직 중·복직 후로 나누어 급여명세서와 고용보험 지급내역을 정리하면 과세대상 급여와 비과세 급여를 구분하기 쉽습니다.

상황별로 많이 묻는 질문

2026년 내내 육아휴직을 했고 고용보험 육아휴직급여만 받았습니다.

고용보험법에 따른 육아휴직급여는 비과세입니다. 다른 과세대상 근로소득이 없고 이미 원천징수된 소득세도 없다면 일반적인 근로소득 연말정산에서 환급받을 세금이 없을 수 있습니다.

출산전후휴가 중 회사와 고용보험에서 각각 돈을 받았습니다.

회사에서 지급한 금액과 고용보험에서 지급한 금액을 구분해야 합니다. 고용보험법상 비과세 급여와 회사의 과세대상 임금은 연말정산 처리 방식이 다를 수 있습니다.

육아휴직 중 병원비와 산후조리원 비용이 많이 발생했습니다.

법정 요건을 충족하는 의료비와 산후조리원 비용은 세액공제 대상이 될 수 있습니다. 다만 해당 기간의 공제 인정 여부와 실제 과세대상 근로소득 및 산출세액을 함께 확인해야 합니다.

육아휴직 중에도 회사에서 연말정산 서류를 제출하라고 합니다.

회사와 근로관계가 유지되고 해당 연도에 과세대상 근로소득이 있었다면 회사의 정산 절차에 따라 자료를 제출할 수 있습니다. 비과세 급여와 과세대상 급여를 구분하고 공제요건에 맞는 서류를 준비해야 합니다.

한눈에 보는 체크리스트

• 2026년 과세대상 회사 급여와 고용보험 비과세 급여를 구분했는가?
• 실제 근로제공기간과 휴직기간을 확인했는가?
• 의료비·신용카드 등 공제항목의 인정 기간을 확인했는가?
• 출산 관련 의료비와 가족 공제요건을 점검했는가?
• 회사에 제출할 서류와 최종 원천징수영수증을 확인했는가?